En af de særlige kendetegn ved ansættelse af fleksjobber er, at fleksjobberen både modtager løn fra en arbejdsgiver og et såkaldt fleksløntilskud fra kommunen. 

Tidligere modtog fleksjobberen både løn og fleksløntilskuddet fra arbejdsgiveren, hvorefter arbejdsgiveren fik refusion fra kommunen. Den gamle fleksjobordning betød, at arbejdsgiveren ved usaglig afskedigelse skulle betale en godtgørelse på baggrund af det samlede beløb.

I 2013 blev reglerne ændret, således at arbejdsgiveren alene betaler fleksjobberen løn for det faktiske udførte, og kommunen udbetaler et fleksløntilskud direkte til fleksjobberen.

Spørgsmål blev herefter, om beregningsmodellen fra den gamle ordning skulle fortsætte, og det har ført til flere sager, der har kørt ved landsretterne, som kom frem til modstridende konklusioner.

Spørgsmålet blev derfor forelagt Højesteret, som nu har fastslået, at beregningen af godtgørelsen - for usaglig afskedigelse af en fleksjobber - skal ske på baggrund af arbejdsgivers faktiske lønudgifter.